Экобиотехнология сосредоточена в основном вокруг получения энергии из биомассы и снижения вредного воздействия отходов производства на окружающую среду путем их обработки микробными средствами. Это классический подход к использованию микроорганизмов как основных объектов, производящих такие биопродукты, которые превращают органические отходы в полезное сырьё. Свойства этих биопродуктов могут быть изменены и адаптированы под различные нужды при помощи инструментов биотехнологии.
Некоторые микроорганизмы имеют высокое микробное катаболическое разнообразие и поэтому могут разлагать или трансформировать различные вещества, включая углеводороды, полихлорированные дифенилы, полиароматические углеводороды, фармацевтические вещества и даже металлы. На использовании таких микроорганизмов основана биодеградация. Разлагая определенные соединения, микроорганизмы обезвреживают отходы производств и позволяют нам получать нужные вещества.